Sau một thời gian trì hoãn, Sigismund đã đồng ý với lời đề nghị của anh em nhà Albert, với điều kiện Phổ nên được coi như một thái ấp của Ba Lan; và sau khi thỏa thuận này đã được xác nhận bởi Hiệp ước Kraków,[4] Albert cam kết một lời thề cá nhân với Sigismund I nên ông đã nhận được Công quốc Phổ cho chính ông và các hậu duệ vào ngày 10 tháng 02 năm 1525.[2]

Các chủ điền trang trong lãnh thổ của Phổ sau đó đã nhóm họp với nhau tại Königsberg và tuyên thệ trung thành với công tước mới, người đã sử dụng toàn bộ quyền hạn của mình để thúc đẩy các học thuyết của Luther.

Tuy nhiên, quá trình chuyển đổi này không hoàn toàn êm đẹp. Albert bị Tòa án công lý của Hoàng đế La Mã Thần thánh triệu tập, nhưng ông đã từ chối xuất hiện và sau đó bị truy tố. Tại Đại hội Đế chế Augsburg, Walter von Cronberg đã tự nhận mình là Grand Master mới của Hiệp sĩ Teuton. Khi các Thân vương Đức đang trải qua sự xáo trộn của Cải cách, Chiến tranh Nông dân Đức[5] và các cuộc chiến chống lại người Thổ Ottoman,[6][7] họ đã không thi hành lệnh cấm đối với công tước Phổ, và sự kích động chống lại Albert nhanh chóng biến mất.[2]

Trong chính trị đế quốc, Albert khá tích cực. Gia nhập Liên đoàn Torgau vào năm 1526, ông đã hành động đồng lòng với những người theo đạo Tin lành, và là một trong số các thân vương tham gia vào âm mưu lật đổ Hoàng đế Charles V sau khi vị hoàng đế này ban hành Hiệp định Augsburg[8] vào tháng 05 năm 1548. Tuy nhiên, vì nhiều lý nên ông không tham gia nổi bật trong các hoạt động quân sự của thời kỳ này.[2]

Những năm đầu cai trị của Albert ở Công quốc Phổ khá thịnh vượng. Mặc dù ông gặp một số rắc rối với tầng lớp nông dân, nhưng đất đai và tài sản của Nhà thờ Công giáo đã giúp ông ủng hộ các nhà quý tộc và cung cấp các khoản chi phí của triều đình. Ông thúc đẩy việc học bằng cách thành lập các trường học ở mọi thị trấn trong lãnh địa do mình cai trị và giải phóng những người nông nô tham gia vào cuộc sống học thuật. Năm 1544, bất chấp một số phản đối, ông thành lập Đại học Königsberg, nơi ông bổ nhiệm người bạn của mình là Andreas Osiander vào chức vụ giáo sư, năm 1549.[2] Albert cũng đã trả tiền cho việc in ấn "Prutenic Tables"[9] do Erasmus Reinhold biên soạn và các bản đồ đầu tiên về Phổ của Caspar Hennenberger.[10]